Una plataforma de proteómica unicelular procesa hasta 288 células al día e identifica unas 4.000 proteínas por célula de media, manteniendo estabilidad en miles de muestras.
La mejora no es solo ver más proteínas, sino poder repetirlo cientos de veces al día con suficiente estabilidad para estudiar poblaciones celulares grandes. Una plataforma NanoLC multicolumna alcanza 288 células al día y unas 4.000 proteínas por célula, acercando la proteómica unicelular a estudios de miles de muestras. Una plataforma de proteómica unicelular procesa hasta 288 células al día e identifica unas 4.000 proteínas por célula de media, manteniendo estabilidad en miles de muestras. En la práctica: Una plataforma multicolumna NanoLC-MS puede analizar hasta 288 células individuales al día sin etiquetado químico.
La proteómica de célula única llevaba años limitada por un problema práctico: medir muchas proteínas por célula era posible, pero demasiado lento para estudiar grandes poblaciones.
La nueva plataforma utiliza varias columnas NanoLC en paralelo para alimentar de forma continua el espectrómetro de masas.
Con ventanas de separación de cinco minutos alcanza hasta 288 células al día.
En células HeLa identifica unas 4.000 proteínas de media y más de 5.100 en las mejores mediciones.
El equipo procesó más de 4.000 muestras y mantuvo buena reproducibilidad durante aproximadamente 1.200 inyecciones consecutivas.
En una prueba biológica, analizó 783 macrófagos expuestos a LPS y detectó heterogeneidad entre células sometidas al mismo estímulo inflamatorio.
Eso acerca la proteómica a estudios poblacionales que antes eran más propios de RNA-seq de célula única.
El reto siguiente será demostrar la misma robustez en muestras clínicas más heterogéneas y con cantidades extremadamente pequeñas de material.
Una plataforma multicolumna NanoLC-MS puede analizar hasta 288 células individuales al día sin etiquetado químico.
El sistema identifica de media alrededor de 4.000 proteínas por célula HeLa y supera 5.100 en los mejores casos.
Los autores procesaron más de 4.000 muestras y mantuvieron estabilidad durante casi 1.200 inyecciones consecutivas.
La proteómica de célula única permite medir directamente proteínas, pero tradicionalmente ha sido mucho más lenta que la transcriptómica de célula única.
El sistema usa varias columnas cromatográficas coordinadas con ventanas de separación de cinco minutos y ciclos de trabajo completos.
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